Obecnie istnieje sześć oddziałów: Lubuski OR, Malborski OM, Mazowiecki OR, Słupski OM, Śląski OR i Warmińsko-Mazurski OR. Oddziały w Malborsku i Słupsku należą do Pomorskiego Oddziału Regionalnego.
Każdy oddział na swoja odrębną historię powstania i specyfikę działalności.
Oddziały są kierowane przez trzyosobowy Zarząd, który jest wybierany przez Walne Zebranie Członków Oddziału. Jeden członek Zarządu pełni rolę Koordynatora.
W ramach JDP działa także Medyczne Centrum Joannitów w Lidzbarku Warmińskim.