Zakon Rycerzy Szpitala św. Jana Jerozolimskiego (łac. Ordo Fratrum Hospitalis Sancti Ioannis Hierosolymitani) powstał w XII w. w Królestwie Jerozolimskim. Na początku XI w. kupcy pochodzący z włoskiego państewka Amalfi założyli nieopodal jerozolimskiej Bazyliki Grobu Pańskiego hospicjum św. Jana Chrzciciela dla chorych i rannych pielgrzymów. Placówką opiekowało się bractwo szpitalne, na czele którego w 1080 roku stanął brat Gerard. Hospicjum odegrało ważną rolę podczas zdobycia Jerozolimy podczas pierwszej krucjaty. W 1113 roku bractwo przekształciło się na wzór templariuszy w zakon rycerski, co bullą „Pie postulatio voluntatis” potwierdził papież Paschalis II.
Drugi wielki mistrz, Raymond du Puy, stojący na czele szpitalników w latach 1120-1160, ugruntował wojskowy charakter wspólnoty łącząc go z charyzmatem szpitalniczym. Przełom XII i XIII w. to z kolei czas, w którym zakon uzyskał szereg przywilejów i dóbr w całej chrześcijańskiej Europie, w której powstała sieć komend, również na terenie dzisiejszych Niemiec i Polski.
Rycerze św. Jana w Niemczech
Pierwsza komenda szpitalników na ziemiach niemieckich powstała ok. roku 1154 w Duisburgu. W 1160 roku za sprawą Albrechta Niedźwiedzia, margrabiego Brandenburgii, który obserwował działania zakonu podczas pobytu w Jerozolimie, utworzono preceptorię w Werben. Do roku 1187 zakon powołał do życia wielki przeorat, którego terytorium odpowiadało w dużej mierze terytorium dzisiejszych Niemiec.
W 1312 roku papież Klemens V zlikwidował Zakon Ubogich Rycerzy Chrystusa i Świątyni Salomona. Na mocy układu z Kremmen trzecia część majątku brandenburskich templariuszy, w tym liczne komandorie, trafiła w ręce joannitów. Duża liczba joannickich komandorii na stosunkowo niewielkim terenie sprzyjała naturalnemu wyodrębnieniu się nowej jednostki organizacyjnej, co ostatecznie zaowocowało powstaniem Baliwatu Brandenburskiego w ramach Wielkiego Przeoratu Niemiec. Układ z Heimbach podpisany w 1382 roku zagwarantował baliwatowi dużą autonomię pozwalając na wybór własnego zwierzchnika zwanego mistrzem (niem. Herrenmeister) oraz podległych mu komendatorów. Dokument został sygnowany przez urzędującego na Rodos wielkiego mistrza Juana Fernándeza de Heredia i przyjęty przez kapitułę generalną zakonu. Wkrótce po tych wydarzeniach brandenburscy rycerze zakupili majątek w Słońsku (niem. Sonnenburg), gdzie wybudowali zamek i kościół.
W 1538 roku elektor brandenburski Joachim II Hektor oraz jego brat, rządzący Nową Marchią margrabia Jan z Kostrzyna, przeszli na luteranizm. W ślad za władcami poszli brandenburscy bracia-rycerze. Przyjęcie wyznania ewangelickiego oznaczało usamodzielnienie się baliwatu względem wiernej Rzymowi części zakonu. Nie oznaczało jednak całkowitego zerwania relacji z katolickim wielkim przeoratem z siedzibą w Heitersheim w Badenii.
Słońsk pozostał centrum joannickiego życia do 1810 roku Sekularyzacja dóbr zakonnych w związku z nałożoną na Prusy kontrybucją na rzecz napoleońskiej Francji, pozbawiła majątków zarówno ewangelickich joannitów, jak i katolickich maltańczyków. W 1812 roku Fryderyk Wilhelm III przekształcił zakon w Królewski Pruski Order Świętego Jana nadawany przez monarchę za szczególne zasługi na rzecz kraju. W 1852 roku Fryderyk Wilhelm IV na nowo ukonstytuował zakon rycerski pod znaną do dziś nazwą. Kapitułę utworzyło ośmiu konfratrów pasowanych na rycerzy między 1790 a 1800 rokiem. Ten ruch zagwarantował zakonowi nie tylko prawną, ale też historyczną ciągłość. Na czele odnowionych struktur stanął mistrz z Domu Hohenzollernów tworząc niepisaną tradycję przestrzeganą po dziś dzień.
Dwudziestolecie międzywojenne
W okresie międzywojennym szlachecki charakter zakonu oraz powiązania z Kościołem ewangelickim sprawiły, że narodowi socjaliści spoglądali nań niechętnym okiem. W 1935 roku dekretem ministra spraw wewnętrznych Rzeszy zakazano zakonowi nadawania tytułów rycerskich. Trzy lata później Rudolf Hess wydał dekret, w którym stwierdził niezgodność członkostwa w NSDAP z przynależnością do Zakonu Joannitów. Choć oficjalnie zakon nie został rozwiązany, miał zakaz przyjmowania nowych członków. Wielu rycerzy zarówno z Zakonu Joannitów, jak i katolickiego Zakonu Maltańskiego, przepłaciło życiem swoje zaangażowanie w organizację zamachu na Hitlera w 1944 roku.
Koniec II wojny światowej oznaczał dla zakonu utratę wszelkich posiadłości na przyłączonych do Polski i Rosji ziemiach za Odrą i Nysą oraz na terenie sowieckiej strefy w Niemczech. Struktury zaczęto odbudowywać w 1947 roku na terenie ówczesnej RFN. Wtedy też podjęto decyzję o dopuszczeniu do członkostwa kandydatów nie posiadających tytułów szlacheckich.
Dziś główną siedzibą władz zakonu są Poczdam i Berlin. Duchowym centrum zaś XIII-wieczny kościół komturialny szpitalników w Nieder-Weisel (Hesja). Zakonem zarządza, wraz z kapitułą i rządem zakonu, mistrz książę Oskar Hohenzollern, prawnuk cesarza Wilhelma II. Zgodnie z decyzją Rady Ewangelickiego Kościoła w Niemczech (EKD) z 2 maja 1947 roku Zakon Joannitów jest częścią EKD.
Na terenie Niemiec Zakon Joannitów składa się z 18 jednostek administracyjnych zwanych stowarzyszeniami lub komandoriami. Posiada też swoje struktury w Austrii, Finlandii, Szwajcarii, Francji i na Węgrzech. Wśród tych pierwszych specjalny charakter ma Komenda Baliwatu w skład której wchodzi 12 narodowych subkomandorii skupiających joannitów z całego świata, w tym Subkomandoria Polska.